В 1944 году, на фоне гражданской войны в Испании, 10-летняя девочка по имени Офелия переезжает вместе с беременной матерью и жестоким отчимом, капитаном Видалем, в военный лагерь. Видаль, безжалостный офицер армии Франко, был назначен на задачу очистить территорию от повстанцев.

Офелия, странствуя по лагерю, находит заброшенный лабиринт, где встречает таинственного Фавна. Он утверждает, что она является утраченной принцессой из магического королевства. Чтобы вернуться домой, Фавн предлагает Офелии пройти три опасных испытания до полнолуния, но все должно оставаться в тайне от всех окружающих.