В захватывающем мультфильме "Бэтмен и Харли Квинн", события развиваются после нападения Ядовитого Плюща и Флорник Мена на лабораторию "S.T.A.R. Labs". В результате атаки, злодеи украдают секретную информацию о ученом по имени Алек Холланд, ранее известном как Болотная Тварь. Холланд, разрабатывавший формулу для преобразования пустынь в леса, подвергся неудачному эксперименту, превратившему его в ужасающего монстра.

Следует также отметить исчезновение еще одного выдающегося ученого, преподающего ботанику и биологию в университете. Эти загадочные события сводятся воедино, побуждая Бэтмена предположить, что они являются частью одного коварного плана. Сознавая неотложность ситуации и понимая, что "защитники природы" могут замышлять нечто зловещее, Темный рыцарь и Найтвинг решают объединить усилия со странной, но уникальной союзницей – Харли Квинн.

Теперь троица героев вынуждена следовать по темным путям Готэма, раскрывая загадочные подробности и раскрывая зловещие планы, которые могут повлечь за собой катастрофические последствия. Вместе они сталкиваются с опасностью, где каждый шаг приводит к новому открытию, а Харли Квинн, с ее уникальным обаянием и непредсказуемостью, придает этой истории неожиданный поворот.