В мультфильме "Смурфики и волшебная флейта" рассказывается история о парнишке по имени Уильям, живущем в средневековом королевстве. Уильям, несмотря на недооценку своего музыкального таланта окружающими, с большой любовью играет на флейте. В один день, когда в королевском замке происходит пожар, Уильям случайно обнаруживает волшебную флейту, способную вызывать веселье и радость у всех, кто ее слышит.

Однако спустя некоторое время флейта исчезает, и Уильям узнает, что ее сделали смурфики, живущие в загадочных лесах. Он решает отправиться в Смурфикляндию вместе со своим другом Йоханом, чтобы вернуть волшебную флейту и принести радость обратно в свое королевство.

В пути к Смурфикляндии Уильям и Йохан сталкиваются с различными приключениями, встречают новых друзей и преодолевают трудности. В конечном итоге, благодаря своей смелости и настойчивости, они находят Смурфикляндию и встречаются с самими смурфиками, чтобы вернуть волшебную флейту и принести радость обратно в свой мир.