В фильме "Элай" в центре внимания стоит восьмилетний Элай, страдающий редким аутоиммунным заболеванием, которое заставляет его проводить большую часть времени в изоляции. Его жизнь ограничена герметичным костюмом и специально оборудованным боксом за пределами дома.

Родители Элай решают обратиться к доктору Хорн и её экспериментальному лечению, надеясь на выздоровление сына. Они приезжают в особняк, превращенный в клинику, где начинается новая глава в жизни мальчика.

Однако, по мере того как Элай начинает лечение, он сталкивается с непонятными явлениями и видениями, которые заставляют его сомневаться в том, что происходит вокруг него. Тайны и странные события в клинике начинают раскрываться, разблокируя давно забытые тайны и темные секреты.