В мультфильме "Балто 3: Крылья перемен" наступили новые времена на севере, когда сани, служившие основным средством передвижения, уступают место странному крылатому устройству - самолету, которое быстро становится предпочтительным способом доставки грузов.

Однако Балто, знакомый всему старому, не в восторге от этой перемены. Он организует гонку между опытными собаками и летчиком по имени Дьюк, чтобы узнать, кто быстрее доставит почту: упряжка собак или самолет.

Собаки, восторженные победой, добираются первыми до финиша, доказывая свое превосходство. Но радость быстро сменяется тревогой, когда становится известно, что с летчиком Дьюком и его самолетом произошло что-то странное. Вместе с Маком и Люком Балто отправляется в рискованное приключение, чтобы спасти пропавшего летчика и разгадать загадку произошедшего.