В аниме-фильме "Призрак в доспехах 2.0" действие разворачивается в 2029 году, когда по всему миру широко распространены компьютерные сети и кибертехнологии. Почти каждый человек имеет имплантанты, сделавшие их частью сети. Однако с ростом технологий возникает новая угроза - возможность взлома мозга.

Таинственный хакер, известный как Кукловод, начинает манипулировать политической сценой, вызывая беспокойство властей. 9-й отдел Министерства Общественной Безопасности, элитный отряд полиции, специализирующийся на противодействии киберпреступности, получает задание остановить Кукловода и пресечь его деятельность.

Начинается напряженная расследовательная операция, в ходе которой агенты 9-го отдела сталкиваются с умелым хакером и его таинственными способностями, в то время как вопросы о безопасности и личной свободе становятся в центре внимания.