Аниме представляет развернутую историю о хрупком мире ниндзя, подвергнутом новой угрозе абсолютного стремления к власти и жажде масштабной доминации. В Пяти странах вспыхивает кризис: невидимые силы начинают похищать носителей Кровного дара из скрытых деревень, оставив деревню Листвы нетронутой и подвергая другие страны подозрениям.

Коноха оказывается в центре событий, столкнувшись со враждебными действиями соседей и приближающейся Великой войной ниндзя. Стремясь защитить деревню, Хатакэ Какаси принимает решительное решение, готовясь пожертвовать собой ради спасения всех. Однако, столкнувшись с принципами и предостережениями, последователи Какаси вынуждены выбирать между холодной логикой и состраданием - между планом Какаси и сердцем его ученика Наруто. В их решениях и действиях теплится надежда на разрешение конфликта и спасение мира, ибо в мире Наруто часто побеждает тот, кто следует своему сердцу.