Зион находится на пике противостояния людей и машин, готовясь к решающим сражениям. В то время как «Матрицу» раздирают противоречия между людьми и машинами, Нео ничего не знает о третьей силе, готовой уничтожить людей. Защитники Зиона борются за свою жизнь и будущее человечества.