В мультфильме "Бэтмен против Черепашек-ниндзя" Готэм-Сити подвергается нападению загадочных существ, напоминающих огромных черепах. Бэтмен, всегда готовый к борьбе со злом, объединяет усилия со своими верными союзниками, чтобы раскрыть и остановить этих необычных гостей, принимая их за потенциальных врагов. Однако вскоре выясняется, что чужаки несут на себе знаки легендарных Черепашек-ниндзя.

Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло прибывают в Готэм-Сити с важной миссией – противостоять гнусным планам Шреддера, который заключил союз с опасным Ра'с аль Гулом. Для того чтобы повысить шансы на победу в этой схватке, Черепашкам и Бэтмену предстоит объединить свои силы и применить все свои уникальные навыки в борьбе со злом, ставшимо угрозой для Готэм-Сити. В этом захватывающем приключении герои сталкиваются с темными силами, демонстрируя великолепное единство и силу командной работы.