В мультфильме "Черепашки-ниндзя: Погром мутантов" зрителей ждет захватывающее приключение, начавшееся 15 лет назад в таинственной канализации Нью-Йорка. Эксперименты безумного ученого Стокмана случайно приводят к попаданию мутагена в канализацию, где четыре черепаши становятся мутантами под опекой мастера боевых искусств Сплинтера.

Теперь, когда братья-черепаши выросли и освоили искусство боя, они стремятся выбраться из темных недр канализации и стать полноправными членами верхнего мира. Знакомство с амбициозной студенткой-журналисткой Эйприл О’Нил становится ключом к новому этапу их жизни. Решив стать борцами с преступностью, они выходят на улицы мегаполиса, чтобы защищать его от зловещих угроз.

Судьба города оказывается под угрозой из-за коварных планов Суперфлая — жуткого создания, вышедшего из лаборатории Стокмана и лидера банды мутантов. Сейчас черепаши-ниндзя должны объединить свои силы с новыми союзниками и противостоять темным силам, чтобы спасти свой дом и предотвратить Погром мутантов.