В аниме-фильме "Годзилла: Пожирающий планету" человечество стоит перед серьезным испытанием после неудачных попыток победить Годзиллу. Капитан Харуо, главный герой, оказывается на грани предательства, когда его обвиняют в провале миссии. Тем временем он пытается прийти в себя после потери своей подруги, оказавшейся жертвой нанометалла, который поразил ее тело.

Выжившее население Земли осознает, что Годзилла остается неукротимой угрозой. В это непростое время Метфис предлагает людям опасный план: призвать могущественное существо из другого мира, способное уничтожить не только Годзиллу, но и всю планету. Перед Харуо и его товарищами стоит сложное решение: пойти на этот риск, чтобы окончательно избавиться от Годзиллы, или искать другие способы спасения, не подвергая планету еще большей опасности.