В фильме "Новый Ультрамен" обычная жизнь в Японии оказывается под угрозой из-за появления загадочных существ, известных как "виды S-класса". Даже самое современное вооружение оказывается бессильным перед этой угрозой, и правительство принимает решение создать специальное подразделение для борьбы с ними.

В состав этого подразделения входят разношерстные специалисты: смелый и самоуверенный Кимио Тамура, отважный тактик Синдзи Каминага, гениальный ученый Таки Акихиса и специалист по биологии Юми Фунабери.

С появлением на Земле серебряного гиганта угроза со стороны пришельцев становится еще более серьезной. Аналитик Хироко Асами объединяется с командой Тамуры, чтобы разработать стратегию по уничтожению пришельцев и спасти мир от нового ужаса.