В мультфильме "Черепашки-ниндзя" после победы над своим старым врагом Шредером, семья черепашек оказывается разделенной. Но проблемы не заканчиваются: их мудрый наставник Сплинтер обнаруживает, что в Нью-Йорке происходят загадочные события. Техноиндустриалист Максимилиан Уинтерс, воплощая в жизнь свои зловещие планы, готовит армию древних монстров.

Сплинтер осознает, что единственными, кто может остановить этот зловещий план, являются его воспитанники – Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль. Разъединенные и в поисках путей к воссоединению, Черепашки снова объединяются, чтобы защитить свой город и мир от новой угрозы.

Вместе с привычными союзниками, Эйприл О`Нил и Кейси Джонсом, Черепашки вновь вступают в сражение. Их путь пересекается с таинственным кланом Фут, который, кажется, поставил свои ниндзя-способности на службу интересам Максимилиана Уинтерса. На фоне внутренних раздоров и внешних угроз, Черепашки-ниндзя вновь противостоят злу, чтобы защитить свои жизни и город от неминуемой опасности.