Фильм погружает зрителя в далекое будущее, где Земля пережила катастрофическую эпидемию. Большая часть человечества исчезла, а выжившие обосновались в последнем укрепленном городе под защитой купола. В этом новом мире, где каждый день является борьбой за выживание, мистическая и ловкая Эон Флакс стоит на передовой секретной революции. Она - топовый агент подпольной организации, цели которой загадочны и многогранны. Главная задача Эон - ликвидация высокопоставленного государственного деятеля. Но чем ближе она подходит к своей цели, тем больше загадок обнаруживает о самом городе и его правителях. Эта миссия переворачивает её представления о мире, раскрывая шокирующие тайны, стоящие за куполом. Фильм представляет собой яркий экшн, исполненный глубиной сюжета и размышлений о природе власти, свободе и человечности в экстремальных условиях.